Cara anyar nganalisa interaksi jarak jauh ing interaksi

Peneliti ing Institut Riset Leukemia Josep Carreras wis ngembangake cara kanggo nganalisa interaksi jarak jauh ing DNA -interaksi – saka jumlah bahan wiwitan sing sithik banget. Cara kasebut, sing dijenengi liCHi-C, mbukak lawang kanggo sinau interaksi sampel sing asale saka pasien tinimbang model in vitro kanggo pisanan lan mbantu kita ngerti kepiye owah-owahan ing wilayah pangaturan mengaruhi kerja sel kanker.

Kanggo wektu sing suwe, genetika lan epigenetik kanker wis fokus marang owah-owahan ing gen, protein lan aktivitase kanggo mangerteni apa sing ndadekake sel dadi salah lan dadi ganas. Nanging, cara kerja ing njero sel nuduhake crosstalk antarane jaringan gen sing kompleks banget, sing dikontrol dening unsur regulasi cilik sing disebarake kanthi fisik ngubungi wilayah DNA.

Akeh kanker nuduhake owah-owahan ing crosstalk iki amarga, contone, hasil DNA, ilang utawa rearrangements. Nalika gen apik banget, ana ing posisi sing beda ing inti ngganggu kemampuan kanggo kontak karo unsur regulasi. Sinau babagan jaringan interaksi iki, sing dikenal minangka interaksi, minangka salah sawijining lapangan sing paling tantangan lan ora dingerteni ing biologi kanker.

Nganalisis interaksi kasebut dudu tugas sing gampang. Sawise kanthi ati-ati ngekstrak DNA saka sel kanker, njupuk kabeh pancegahan sing bisa ditindakake supaya ora ngganggu bagean-bagean genom sing “ngomong-ngomong siji-sijine”, para ilmuwan tetep bebarengan nggunakake sawetara trik biokimia lan mbukak gen lan unsur regulasi sing ana ing fisik. kontak. Kanthi mbandhingake sehat saka sel kanker, dheweke ngarep-arep bisa ngerti “wacana” kanker sing ora bener.

Nganti saiki, metodologi iki mbutuhake jumlah DNA sing cukup supaya bisa sukses lan, mulane, adoh saka manajemen klinis amarga ukuran sampel sing winates ing biopsi. Iki bisa diganti amarga liCHi-C, cara anyar sing dikembangake dening Lab Organisasi Chromatin 3D sing dipimpin dening Dr Biola M. Javierre ing Institut Riset Leukemia Josep Carreras, fasilitas umum sing ana ing jaringan CERCA Generalitat de Catalunya.

Ing publikasi anyar ing Nature Communications, pisanan ditulis dening Laureano Tomás-Daza lan Llorenç Rovirosa, interaksi tumor tartamtu bisa dianalisis langsung saka conto pasien tinimbang model in vitro, lompatan gedhe. Prestasi iki gumantung ing kasunyatan manawa liCHi-C, perbaikan saka metode Promoter Capture Hi-C (PCHi-C) sadurunge, bisa digunakake kanthi kurang saka 50 ewu sel tinimbang jutaan sing dibutuhake kanggo metode liyane. Pengurangan ukuran sampel sing signifikan iki bisa ditindakake amarga kombinasi protokol eksperimen sing lancar karo alat bioinformatika anyar.

Bebarengan karo kolega saka Institut Josep Carreras, Pusat Supercomputing Barcelona, ​​Wellcome-MRC Cambridge Stem Cell Institute, Sant Joan de Déu, IDIBAPS lan Klinik Rumah Sakit antara liya, para peneliti wis bisa nambah resolusi peta interaksi ing ngembangaken. sel stem hematopoietik saka donor sehat lan pasien kanker, ngenali jaringan sing diowahi nalika leukemia. Uga, dheweke nuduhake carane liCHi-C bisa digunakake kanggo ngenali pangaturan ulang DNA sing gedhe kanthi presisi sing luwih dhuwur lan ngerti peran owahan non-coding ing perkembangan kanker.

Ngerteni crosstalk aberrant ing sel kanker bisa mbantu ngembangake terapi anyar, sing tujuane ngganggu “obrolan beracun” ing njero. Kita isih adoh saka klinik, nanging liCHi-C minangka langkah pisanan kanggo katrangan sing luwih akeh lan luwih sugih babagan apa sing kedadeyan ing sel kanker, salah sawijining ciri riset biomedis.

Sumber:

Joseph Carreras Leukemia Research Institute

Referensi jurnal:

Tomas-Daza, L., et al. (2023) Capture input rendah Hi-C (liCHi-C) ngenali interaksi promotor-enhancer ing resolusi dhuwur. Komunikasi Alam. doi.org/10.1038/s41467-023-35911-8.

.

Leave a Comment

Your email address will not be published. Required fields are marked *