Kanthi pendanaan anyar, Atomic AI nganggep RNA minangka tapel wates sabanjure ing panemuan obat • TechCrunch

Industri bioteknologi ngalami cepet-cepet alat sing didhukung AI kanggo akeh aspek proses panemuan obat sing rumit. Nanging siji sing wis mabur ing radar, tambah akeh dianggep minangka kunci kanggo penyakit tartamtu nanging woefully understudied, punika RNA. Kanthi pendanaan anyar $35 yuta, Atomic AI duwe tujuan kanggo nindakake kanggo RNA apa sing ditindakake AlphaFold kanggo protein, lan nemokake perawatan anyar ing proses kasebut.

Yen sampeyan isih bisa ngelingi biologi sekolah menengah, sampeyan bisa uga ngelingi RNA minangka wong tengah antarane DNA (panyimpenan informasi jangka panjang) lan protein (mesin urip seluler ing tingkat molekuler). Nanging kaya umume perkara ing alam, kayane ora gampang, ujare CEO lan pangadeg Atomic AI, Raphael Townshend.

“Ana dogma utama sing DNA menyang RNA, sing dadi protein. Nanging muncul ing taun-taun pungkasan sing nindakake luwih saka mung encode informasi, “ujare ing wawancara karo TechCrunch. “Yen sampeyan ndeleng genom manungsa, kira-kira 2% dadi protein ing sawetara titik. Nanging 80 persen dadi RNA. Lan iku mengkono … sing ngerti apa? Iku banget underexplored.

Dibandhingake karo DNA lan protèin, karya cilik wis rampung ing wilayah iki. Akademia wis fokus ing potongan teka-teki liyane lan obat-obatan, sebagian minangka akibat, ngupayakake protein minangka mekanisme obat. Asilé yaiku kekurangan kawruh lan data babagan struktur RNA.

Nanging apa sing ditindakake dening Atomic AI yaiku RNA fungsional lan kudu ditindakake minangka cara perawatan. Rahasia kasebut ana ing wilayah “non-coding” RNA, sing kaya header lan footer ing sawijining dokumen. Dheweke nindakake pakaryan kaya protein nanging dudu protein – lan ora mung siji-sijine conto.

Sampeyan bisa mikir babagan untaian RNA minangka kalung manik, luwih akeh tinimbang manik. Senar kasebut “floppy” lan kurang luwih apa sing dianggep para pengkritik: perantara. Nanging saben-saben sampeyan entuk simpul sing menarik banget sing ora mungkin dibentuk kanthi ora sengaja. Kaya protein, yen sampeyan bisa ngerteni strukture, mula bisa ngerteni apa sing ditindakake lan kepiye kena pengaruh.

“Kuncine yaiku nemokake manik-manik kasebut, bit-bit sing terstruktur. Isi informasi sing dhuwur, bisa ditargetake, lan uga fungsional, “ujare Townshend. “Iki katon ing panemuan obat-obatan minangka tapel wates anyar.”

Ide menarik kanggo tesis lulusan, bisa uga (lan kanggo Townshend), nanging kepiye carane bisa mbangun bisnis ing saubengé?

Kaping pisanan, yen lapangan bakal dadi luwih penting, mbangun metode kanggo sinau duweni nilai sing akeh. Banjur, yen sampeyan nggawe cara kasebut, sampeyan bisa dadi baris pisanan nggunakake. Atomic AI nindakake loro-lorone bebarengan.

Model 3D puteran saka struktur untaian RNA sing diprediksi dening PARSE.

Inti saka IP Atom yaiku, sanajan iki minangka simplifikasi, AlphaFold kanggo RNA. Biologi beda-beda, lan cara model bisa beda-beda, nanging gagasane padha: model pembelajaran mesin sing dilatih ing set winates saka jinis molekul sing bisa nggawe prediksi akurat babagan struktur molekul liyane saka jinis kasebut.

Sing aneh yaiku tim Townshend nggawe model kaya ngono, sing ngluwihi kinerja liyane kanthi wates gedhe, kanthi menehi karakteristik mung 18 struktur molekul RNA “diterbitake antarane 1994 lan 2006.” Model tanpa balung iki ngusap lantai karo wong liya, kaya sing diungkapake ing artikel ngarep sing diterbitake ing Science ing 2021.

Wiwit kuwi, Townshend cepet nambah, perusahaan wis nambah model lan metode kanthi bahan mentah sing luwih akeh, sing akeh digawe ing laboratorium udan dhewe. Dheweke nyebut piranti sing dianyari PARSE: Platform kanggo Eksplorasi Struktur RNA sing didorong AI.

“Kertas Ilmu minangka terobosan awal, nanging kita wis ngasilake akeh … struktur-jejer data,” jlentrehe. “Ora struktur lengkap dhewe, nanging data sing ana gandhengane karo struktur kasebut, puluhan yuta poin data; ukuran data sing padha sampeyan kudu nglatih model basa gedhe. Lan digabungake karo karya sinau mesin liyane, kita bisa nambah kacepetan lan akurasi kertas kanthi dramatis.

Tegese Atomic AI mung siji-sijine sing, paling ora umum, duwe sistem sing bisa njupuk data mentah molekul RNA lan ngira-ngira strukture kanthi yakin. Iku migunani kanggo sapa wae sing nindakake riset RNA ing utawa metu saka obat, lan kanthi terapi gen lan vaksin mRNA, lapangan kasebut mesthi saya mundhak.

Struktur RNA liyane (nanging beda-beda).

Kanthi alat kasebut, sampeyan bisa nggunakake salah siji saka rong cara: menehi lisensi minangka platform “struktur minangka layanan”, kaya sing diarani Townshend, utawa gunakake dhewe. Atomic wis milih sing terakhir, lan ngupayakake program panemuan obat dhewe.

Pendekatan iki duwe bedane sing nyata saka akeh proses panemuan AI ing kana. Ide umum yaiku sampeyan duwe protein, ujar manawa sampeyan pengin nyandhet ekspresi ing awak manungsa, nanging sing ora ana yaiku bahan kimia sing bisa dipercaya lan eksklusif karo protein kasebut, persis ing endi lan kapan sampeyan pengin ( lan murah, yen bisa).

Upaya panemuan obat AI cenderung ngasilake ewonan, mayuta-yuta, malah triliunan molekul calon sing bisa bisa, pangkat wong, lan supaya Lab udan miwiti nggarap dhaftar minangka cepet sabisa. Yen sampeyan bisa nemokake sing cocog karo karakteristik ing ndhuwur, sampeyan bisa ngasilake obat anyar utawa ngganti sing luwih larang ing pasar. Nanging sing paling penting yaiku sampeyan saingan golek pengikat anyar menyang protein sing dikenal.

“Kita ora mung golek binder, kita nemokake apa sing bisa ditargetake ing wiwitan. Alesan sing menarik yaiku amarga ing pungkasan dina, obat-obatan gedhe iki luwih peduli babagan biologi novel tinimbang molekul novel. Sampeyan mbisakake soko sing ora bisa ditindakake sadurunge kanthi nemokake target anyar iki, tinimbang nambah jumlah molekul sing kasedhiya kanggo target kasebut, “ujare Townshend.

Ora mung iku, nanging sawetara protèin wis ditemokake meh ora bisa dirugekake kanthi alasan apa wae, nyebabake penyakit sing tahan kanggo obat. RNA bisa ngidini perawatan penyakit sing padha iki kanthi mungkasi masalah protein.

Saiki, Atomic AI wis mbatesi dhaptar kanggo kanker tartamtu sing nyebabake overproduksi protein patologis (lan pilihan sing apik kanggo nyegah mekanisme kasebut), lan penyakit neurodegeneratif sing uga bisa entuk manfaat saka intervensi hulu.

Mesthine kabeh pakaryan iki larang regane, amarga mbutuhake kerja laboratorium lan ilmu data sing kuat. Untunge, perusahaan wis ngunggahake babak A $ 35 yuta, dipimpin dening Playground Global, kanthi partisipasi saka 8VC, Pabrik HQ, Greylock, NotBoring, AME Cloud Ventures, uga malaekat Nat Friedman, Doug Mohr, Neal Khosla, lan Patrick Hsu. (Perusahaan sadurunge ngunggahake babak winih $ 7 yuta.)

“Wong-wong wis milih kabeh woh-wohan sing gantung ing lemah protein,” ujare Townshend. “Saiki ana biologi anyar sing kudu ditindakake.”

Leave a Comment

Your email address will not be published. Required fields are marked *